超高效液相色谱仪与高效液相色谱仪所采用的原理其实差不多，只是有略微的改变。
超高效液相色谱柱，粒径大概只有3.5um，还有的能够达到1.7um，因为孔径非常小，所以物质分离将更有效。同时，该色谱仪还使用了超高压输液泵。因为减小了色谱柱的粒径，所以仪器在运转过程中，压力就会大大增加。自然就需要将输液泵改为超高压的，才能够满足所需。此外，超高效液相色谱仪还选用了拥有告诉采样速度的检测器，保证了其灵敏度。进样器为了避免扩散和污染样本，所以使用较低扩散，较低交叉污染的自动进样器。并且还有压力辅助进样的技术，以及进样探头，保证进样的完整性。最后，该色谱仪还进行了系统优化。在色谱工作站中实现了各种软件平台的运行，真正保证高效液相分析方法和高效液相分析方法之间互通有无，实现分析的有效精准。同时，超高效液相色谱仪的速度和灵敏度是高效液相色谱仪的九倍和三倍。不仅加快了分析的时间，还因为溶剂用量的减少而拉低了成本，真所谓一箭双雕。
仪器在运转过程中，因为其压力太大，自然会产生一系列的问题。比如说，泵的寿命会减少，仪器连接的部位会很快老化等等。这些是超高效液相色谱仪的缺点，一旦出现问题，要尽快进行故障排查，方能保证检测的正常运行。
气相色谱质谱联用仪的设计稳定高效，在传输离子时能够保证离子源的温度趋于稳定。因为离子源加热系统是独立的，所以可以很简单地调节温度，从120摄氏度到400摄氏度都可以控制。同时，联用仪的使用，还能够最大程度上避免离子源的污染，使得报告结果更加精确。