由于固相萃取过程中，样品物质的复杂多样化，使得样品的组分具有的性质也多种多样了。在这种情况下想要有效快速的分离出杂质物质和目标物质，根据各种物质的性质，合理调节母液的PH就显得非常重要了，如果PH值控制的不好将会带了许多不良影响，给固相萃取带来许多不便。
因此，要做好萃取就要了解清楚PH值会给固相萃取带来的影响有以下四点，1、对基体材料的影响，在萃取过程中，硅胶作为基体的主要原料，根据硅胶的化学性质，应该严格将PH值控制在2-7.5这个范围之。当出现PH值高于或者低于这个范围的情况时，有关链合相就会出现水解的现象并从硅胶上断裂下来，使得硅胶溶解。
2、对离子源的影响，根据样品的不同，样品溶液的PH相应的呈现出酸性或者碱性的特征。在这种情况下，应该调制PH值使得化合物不能带电，如若不然，将会使得分析物的亲水性和阳离子的交换作用不能得到再次利用，大大降低了原材料的有效利用价值。
3、对吸附性的影响，在反相萃取情况下应该选择合适的PH，使得分析物能够最大程度的保留在相反的硅胶链上，当溶液处于性的条件之下时，加入的苯酚会出现带、观察物质。4、但是对于键合硅胶或吸附剂上的正相固相萃取情况，pH值的范围在这种情况下并没有发生太大的影响。因为在这些过程中所用的溶剂一般为非极性有机溶剂，而不是使物质发生电离的水。 最后离子源交换固相萃取是如何保留化合物，很大程度上取决于样品和预处理溶液的pH。为了保留化合物，样品的pH应保证分析物和硅、胶表面的官能团带上相反的电荷。