HPLC的品牌及种类相对较多，不同厂家的产品，相应的使用方法有所不同。因而在进行使用之前，则应当要明确，选择什么样的液相色谱仪。高效液相色谱仪与结构仪器的联用，则是一个重要的发展方向。液相色谱—质谱连用技术，受到普遍重视，例如：对氨基甲酸酯农药进行分析。日常在进行使用时，则应当要明确具体的使用方法。
应当要将电脑打开，同时还应当要将液相色谱各个模块的电源打开。双击桌面“仪器—联机”，将会进入联机界面。排气主要是指，手动旋开泵外冲洗阀，逆时针旋转约一圈。右键单击“泵”图标区域，选择“方”选项，则可以进入编辑界面，对流速进行设定并点击确定。编辑方法则是点击“方法”，“编辑完整方法”开始编辑完整方法。选中除“数据分析”外的三项，进入下一选项卡。在“方法注释”当中，加入方法的信息，进入下一选项卡。泵参数应当要如何设定？在“流速”处输入流量，按照要求选择合适比例的流动相配比，进入下一选项卡。
自动对进样器参数进行设定，应当要选择“洗针进样”，在可以输入进样体积及洗瓶位置，进入下一选项卡。则是对柱温箱参数进行设定，在温度下面的空白方框内，输入所需要温度。在进行单次采集的时候，则应当要明确具体方法，找是从“运动控制”菜单当中，选择“样品信息”选项，之后再选择合适的路径，在“数据文件”当中，选择“前缀及计数器”，将样品瓶的位置输入，之后点击确定。
与原子吸收光谱一样，在日常使用的过程当中，还应当要明确相关注意事项。当样品运行的时候，不要将自动进样器前遮盖打开，否则会造成进样过程停止。