如果高效液相色谱结果出现问题可以优先考虑进样的问题，将液相自动进样器停止采取手动进样再次进行实验可以得到是否进样器出了故障的结论。进样器出现问题就要尽快排除否则会对实验结果产生影响。
结果出现样品中待测物含量检测不出的问题可能是取样针深度的问题，过浅会使样品无法充分进入到色谱仪中对痕量物质的分析结果造成很大的偏差，过深则直接打到取样瓶底部损坏针头对取样量造成影响。不断调试取样针深度很重要。制定相应的科研方案，对取样针的深度做一下研究就可以得到最有效的设置方法。如果待测物的含量极低就需要将取样瓶换成微量样品瓶，使取样针和样品能够充分接触。
样品瓶如果盛装过满，会使取样过程出现问题。自动取样器设置好取样量和频率之后对瓶内压力非常敏感，过满的样品瓶内部的压力过大会使每次取样量出现不均等的情况，导致结果出现偏差。这一问题的解决方法在于放置样品于样品瓶中遵循实验原理和操作规程不可随意超过既定的标准线，瓶盖的密封性保持良好不可以有松懈的情况出现。
样品通过取样针打入仪器会在针头部分有一些滞留，会给分析带来影响，在样品几乎处理完毕之后要对针头进行加压处理使残留的样品依次进入到色谱仪中，以保证实验的准确性。自动进样器在液相色谱中的应用已经成熟，质谱仪的应用也需要自动进样器的协助。
质谱数据分析可以对各种进样方法进行理论性分析，由此针对质谱仪的自动进样器也将成为普遍使用的进样方式，将市面上常见类型的质谱仪与自动进样器结合起来，会极大提高样品的定量分析。