人们对食品安全日益重视，无论是农产品的农药含量还是肉类中的兽药残留成分，都可能对人体产生有害的影响，而这些成分的检测，特别是兽药样品前处理的过程比较繁琐，因此提高这些样品的前处理过程的效率和稳定性，需求日益迫切。随着技术的不断发展，自动化的固相萃取仪在诸多方面都有很好的应用，固相萃取的过程包含活化、上样、清洗和洗脱等步骤，能够24小时自动进行，极大的节省人力资源。
而越来越多的固相萃取仪通过和其他检测设备的联用，也将提高食品安全检测上的效率，但是需要注意，自动化萃取过程能够降低人为操作带来的影响，却也需要对检测过程中可能出现的交叉污染、回收和稳定性进行有效的评估，以提高检测的效率，降低测量过程中的误差。
在进行食物检测的同时，也需要对一些种植基地进行农药残留检测，以降低农药对作物生产的影响，提高纯天然作物的种植。一般的处理方式是先用适当的溶剂以溶剂提取的方式从土壤中提取待测农药，再利用固相萃取仪进行检测，因为从土壤中提取的物质存在一定的杂质，同样需要进过一定的过滤和清洗，更要选择适当的吸附剂，实现待测农药的分离和净化。
在食品检测中固相萃取高效和简单的操作，受到广泛的应用，而相比液液萃取技术来说，能够减少溶剂的使用，提高样品检测的灵敏度，避免污染物对色谱柱的伤害，提高使用寿命等优点，让固相萃取得到更广泛的推广。但固相萃取的过程还是比较复杂和繁琐的，自动化的固相萃取仪能够减少人为操作的投入，通过全天自动进行，来提高检测效率，从而节约大量的检测时间。